手持式光谱分析仪虽说测量准确度很高，但人有失手，马有失蹄，手持式光谱分析仪在测定试样中元素含量时，也难免会存在一定的误差，并且受诸多因素的影响。
手持式光谱分析仪系统误差的来源有：
一、标样和试样中的含量和化学组成不完全相同时，可能引起基体线和分析线的强度改变，从而引入误差。
二、标样和试样的物理性能不完全相同时，激发的特征谱线会有差别从而产生系统误差。
三、浇注状态的钢样与经过退火、淬火、回火、热轧、锻压状态的钢样金属组织结构不相同时，测出的数据会有所差别。
四、未知元素谱线的重叠干扰。如熔炼过程中加入脱氧剂、除硫磷剂时，混入未知合金元素而引入系统误差。
五、要消除系统误差，必须严格按照标准样品制备规定要求。为了检查系统误差，就需要采用化学分析方法分析多次校对结果。
